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当料温降至40°C时，移入接种袋或接种箱中，然后放入酒精、棉塞、包扎带、气雾消毒盒、火机、接种钩、菌种，菌种好用百菌清或5%水浸洗，同时有红、绿、黄等色杂菌的菌种，每四筒料放一包菌种。一切就绪后封闭接种箱，点燃消毒盒20分钟后可实现接种，接种时操作人员预先用75%酒精消毒双手，然后小心伸入接种箱中，从尾部撕开种袋接种，种头接近棉塞处的表皮种 弃之不用。地养室培养，此时培养室温度保持24~30°C,12小时后种子开始萌发吃料，20天后当菌丝长至筒料一半时，把接种端袋口稍稍打开通气培养，菌丝长满后，零星出现原基时，进入菌棚排场管理。
灵芝包括多孔菌科灵芝属真菌赤芝Ganodermalucidum（Leyss.exFr.）Karst.或紫芝G.sinenseZhao,XuetZhang,具有补气安神、止咳平喘等功效，主治虚劳、心悸、失眠、头晕、神疲乏力、久咳气喘、冠心病、矽肺、肿瘤⑵。我国是早认识和利用灵芝的，关于灵芝扶正固本、滋补强壮的作用历代的医药学专著均有记载，两千多年前的周朝，《列子?汤问》一书中就记载了“朽壤之上，有菌者芝……煮汤沸其味清芳，饮之明目、心静、肾坚、脑清，其宝物也J《神农本草经》记载了六种灵芝:赤芝、青芝、黄芝、白芝、黒芝和紫芝，《本草纲目》更是详细的记录了灵芝的种类、药性。灵芝功效不断得到验证，对灵芝的药理作用研究也已走向世界，如美国、日本、英国等先后开展了对灵芝的药理与临床的深入研究，《美国草药药典》也正式收载了灵芝，而该药典迄今只收录十来种中药材或天然药物，足以看出全球对灵芝类药材的重视。
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塑料袋质量差塑料袋太薄（0.035mm以下），质量差,段木块毛刺多，装袋、接种及运输过程中未轻拿轻放或机械破损，致使菌袋出现微孔，造成污染。 罩膜初鼓起时，未放冷气；袋破或底层袋泡水或扎口太松造成水袋；常压灭菌保持时间不够、温度不够或中间加水降至100弋以下时间太长；罩膜漏气，温度达不到要求值。接种时料温太高接种时料袋温度太高，超过菌种所能承受的温度范围，造成菌种被烫伤或烫死后不萌发并感染杂菌。培菌环境不良主要是培养室内湿度过大，通风不良，环境不洁，甚至有鼠害。个别芝农在培养室内洒水并使地面上存有积水，空气相对湿度超过70％，利于杂菌滋生。
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